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Shopifyの決済方法：日本のストアで設定する6つの手順と手数料

執筆： Nahar Geva監修： Rogerio Boettger最終更新： 20 分で読めます

Shopifyの決済方法は、3つの層を順に設定すれば一通りそろいます。 Shopify ペイメント（クレジットカードとApple Pay、Google Pay、Shop Pay）、手動の決済方法（代引き、銀行振込）、そして外部決済サービス（コンビニ決済やPayPayなど、Shopify ペイメントの一覧にないもの）です。3つとも、管理画面の「設定 > 決済」から設定します。

この記事は、その3つを日本のストアの手順にします。手順の文言と手数料は、Shopifyの日本語ヘルプセンターと日本の料金ページ、外部決済サービスの例としてKOMOJUの料金ページから、2026年10月6日に読んだものです。画面の名称は変わることがあるので、迷ったら各ページを開いてください。

日本のストアで迷いやすいのは2点です。買い手が期待するコンビニ決済やPayPayがShopify ペイメントに入っていないこと、そして決済方法ごとにかかる手数料が「決済サービスの手数料」と「Shopifyの取引手数料」の二重になることがあることです。手順3と手順4でこの2点を扱います。費用の全体像はShopifyの手数料の記事に、Shopifyそのものの説明はShopifyとはの記事にあります。

決済方法の全体像

先に全体を表にします。手数料の率は料金ページとKOMOJUの料金ページの表示で、プランはBasicの場合です。

層決済方法設定する場所かかる手数料（Basic）
Shopify ペイメントAmerican Express、JCB、Mastercard、Visa設定 > 決済 > Shopify ペイメントを有効化国内の標準カードとJCB 3.55%、American Expressと海外のカード 3.9%
Shopify ペイメントApple Pay、Google Pay、Shop PayShopify ペイメントの有効化で自動Shopify ペイメントの決済手数料。Shopifyの取引手数料なし
手動の決済方法代引き（COD）、銀行振込、郵便為替、カスタム設定 > 決済 > 決済サービス > 手動の決済方法Shopifyの取引手数料なし。代引き手数料や振込手数料は配送業者・銀行の条件
外部決済サービスコンビニ決済、PayPayなど（例：KOMOJU）設定 > 決済 > 決済サービスを追加決済サービスの手数料（KOMOJUの表示でコンビニ2.75%、PayPay 3.5%から）+ Shopifyの取引手数料 2%
外部決済サービスPayPal Express設定 > 決済PayPalの手数料。Shopifyの取引手数料なし

この表の最後の列が、この記事で一番見てほしい部分です。同じ「決済を受ける」でも、Shopifyに払う取引手数料がかかる方法とかからない方法があります。

手順1：Shopify ペイメントを有効にする（設定 > 決済）

最初に、カード決済の土台になるShopify ペイメントを有効にします。ヘルプセンターは、外部決済サービスやマーチャントアカウントを設定してShopifyに資格情報を入力する手間が省け、ストアを作成するとすぐに主要な決済方法を自動で受け付けられる、と説明しています。

有効化の前に、日本の要件ページにある3つを用意します。

  1. 本人確認書類。 日本政府発行の写真つきのものに限られます。日本国パスポート、日本の運転免許証（表面と裏面の写真）、在留カード、顔写真つきマイナンバーカードです。他国発行のパスポートや免許証は使えません。スキャンしたコピーは受け付けられず、自分で撮影した書類の写真が必要です。アカウントの氏名と生年月日は、書類の記載と一致させます。
  2. 銀行口座。 日本国内の銀行の、日本円の普通預金口座です。口座番号が6桁の場合は先頭に0を足して7桁にすることがあり、銀行名と支店名は漢字（全角）で入力します。カタカナやひらがなを入力するとエラーになります。電信送金のみを受け付ける当座預金口座、複数通貨の口座、銀行口座を模した送金サービスは使えません。
  3. 事業形態の選択。 法人番号がなければ「個人」を選びます。法人なら登記謄本か印鑑登録証明書で、登記された法人名と法人番号が書類の表示と完全に一致している必要があります。

もう1つ、Shopify ペイメントのページに注記があります。Shopify ペイメントを使うには、2段階認証でアカウントを保護する必要があります。 あとで2段階認証を無効にすると、アカウントや財務情報が犯罪の標的になる恐れがある、という書き方です。

そして、日本に固有の義務が1つあります。日本でShopify ペイメントを利用する場合、特定商取引法に基づく表記を公開することが義務づけられています。 場所は、ページとしてではなく「設定 > ポリシー」の「特定商取引法に基づく表記」セクションで、日本向けのテンプレートが用意されています。保存するとチェックアウトのフッターに自動でリンクされます。日本国内に配送しない場合でも、日本でShopify ペイメントを使うすべてのマーチャントに表示が義務づけられています。決済の手順の中に法律の手順が1つ混ざっている、と覚えてください。

有効化そのものは「設定 > 決済」のShopify ペイメントのセクションから進めます。要件ページには、Shopifyが書類を郵送することは一切なく、重要な連絡はメールか管理画面の「設定 > ユーザー」に届く、とあります。郵便で書類を求める連絡が来たら、それはShopifyではありません。

手順2：受けられるカードと「簡単なチェックアウト」を確認する

Shopify ペイメントを有効にすると、クレジットカードとデビットカードの決済が自動で有効になり、追加の設定は要りません。日本で受け付けられるブランドは4つです。

  • American Express
  • JCB
  • Mastercard
  • Visa

JCBには条件があります。JCBは日本円（JPY）での取引にのみ対応していて、複数の通貨で販売していても、JCBでの決済は日本円を使う日本国内の買い手に限られます。他の通貨の買い手はVisa、Mastercard、American Expressを使うことになります。JCBを受け付けると、DiscoverとDiners Clubも自動的に受け付けられます。

JCBだけ「審査中」と表示されることがあります。ヘルプセンターによれば、JCBは各申請を手動で審査し、有効化には最大で3週間かかる場合があります。 「設定 > 決済 > 管理する」でステータスを確認でき、3週間を過ぎても保留中ならShopify サポートに問い合わせます。ストア名のカナ表記の確認や、追加の本人確認を求められることもあります。JCBに関する問い合わせはShopifyが全面的に受け、JCBに直接問い合わせないよう書かれています。

カードと同時に、「簡単なチェックアウト」も自動で有効になります。

  • Apple Pay
  • Google Pay
  • Shop Pay

手動で有効にする必要はありません。この3つはShopify ペイメントの一部なので、Shopifyの取引手数料はかかりません。

ここで、日本のストアが最初につまずく点を書いておきます。日本のShopify ペイメントの「現地の決済方法」として挙げられているのは、Bancontact（ベルギーの買い手）、iDEAL | Wero（オランダの買い手、Shopify ペイメントで100件以上の注文処理が条件）、Przelewy24（ポーランドの買い手）です。現地の決済方法は、ストアの所在地ではなく買い手の所在地に基づいてチェックアウトに表示されます。読み取った時点の一覧に、コンビニ決済もPayPayもありません。 日本の買い手向けのこれらは、手順3と手順4で足します。

もう1つの制限として、Shopify ペイメントは日本ではオンライン販売でのみ利用でき、対面（POS）の支払い処理には使えません。対面で受けるなら、外部サービスのカードリーダーが必要です。

手順3：代引きと銀行振込を「手動の決済方法」で追加する

カードで払いたくない買い手にも注文してもらうための仕組みが、手動の決済方法です。ヘルプセンターは代表例として、代引き（COD）、郵便為替、銀行送金を挙げています。

手順は次のとおりです（デスクトップの管理画面）。

  1. 管理画面から「設定 > 決済」に移動します。
  2. 「決済サービス」セクションで、利用できる手動の決済方法のいずれかを選びます。
  3. 「追加情報」に、チェックアウトの決済方法の横に表示する情報を入力します。
  4. 「決済手順」に、お客様が注文の支払いを行う際に従う手順を入力します。この手順は、お客様が注文を完了したあとの注文確認ページに表示されます。ヘルプセンターは、銀行または配送サービスに問い合わせて、お客様が支払いを完了するために必要なことを正確に確認してから入力するよう求めています。
  5. 決済方法を有効にするボタンをクリックします。

銀行振込なら、「決済手順」に振込先の銀行名、支店名、口座種別、口座番号、口座名義と、振込期限を書きます。代引きなら、配送業者の代引きサービスを使うこと、代引き手数料を誰が負担するかを書きます。これらの金額はShopifyではなく、銀行と配送業者の条件で決まるので、この記事では数字を出しません。

手動の決済方法で受けた注文は、「注文管理」ページで保留中（未払い）としてマークされます。代金を受け取ったら、注文詳細ページで手動で支払い済みにしてから、通常の注文と同じようにフルフィルメント（発送）します。ここを忘れると、入金済みの注文が未払いのまま残ります。

重要な一文がヘルプセンターにあります。「手動決済では、外部サービスの取引手数料は請求されません。」 代引きと銀行振込は、Shopifyに払う手数料という点ではゼロです。

用意された種類に合うものがなければ、カスタムの手動の決済方法を作れます。「設定 > 決済」の「手動の決済方法」セクションで「カスタム決済方法を作成する」を選び、名前を入れます。ただし、銀行振込、キャッシュ、代引き（COD）、カスタム、外付けクレジット、外付けデビット、ギフトカード、郵便為替、ストアクレジットの9つの名前はShopifyが予約していて使えません。

複数の通貨で手動の決済方法を受けるには、Shopify ペイメントと国際販売ツールが必要です。いらなくなった手動の決済方法は、同じ画面の「管理する」から無効にでき、あとで再有効化もできます。

手順4：コンビニ決済やPayPayが必要なら、外部決済サービスを足す

Shopify ペイメントの一覧にない決済方法は、外部決済サービスの連携で足します。ヘルプセンターによれば、Shopifyストアで利用できるクレジットカード決済サービスは100種類以上あり、外部決済サービスを唯一の決済サービスとして使うことも、Shopify ペイメントと併用することもできます。

種類が2つあります。ダイレクトプロバイダーは、買い手がオンラインストアの中で購入を完了でき、外部プロバイダーは、ストアの外部でホストされたチェックアウトページで購入を完了します。買い手の体験が違うので、候補のサービスがどちらかを先に確かめます。有効化と変更は、管理画面の「決済」ページから行います。

ここで、手数料が二重になる仕組みを正確に書きます。ヘルプセンターの注記です。「Shopify ペイメントが有効になっている場合でも、すべての外部サービスおよび代替の決済ゲートウェイサービスには、外部サービスの取引手数料が適用されます。ただし、Shopify ペイメントを有効にしている場合、PayPalと手動の決済方法は、外部サービスの取引手数料から除外されます。」

その取引手数料の率は、日本の料金ページ（2026年10月6日時点）にあります。

プラン外部サービスの取引手数料参考：Shopify ペイメントの国内標準カード手数料
Basic2%3.55%
Grow1%3.4%
Advanced0.6%3.25%
Plus0.2%2.9%

つまり、コンビニ決済をKOMOJUのような外部決済サービスで受けると、KOMOJUに払う手数料と、Shopifyに払う取引手数料の両方がかかります。

KOMOJUを例に出すのは、同社の料金ページに連携先としてShopifyが挙げられていて、料率が公開されているからです（2026年10月6日時点の表示、特別の合意がある場合はそちらが優先と注記あり）。

  • 初期費用、月額費用、サービス利用料は無料で、必要な費用は取引ごとの手数料のみ
  • クレジットカード（Visa、Mastercard、JCB、American Express、Diners、Discover）：一律3.25%
  • コンビニ決済（セブンイレブン、ファミリーマート、ローソン、ミニストップ、デイリーヤマザキ、セイコーマート）：一律2.75%
  • PayPay、メルペイ、d払い、au PAY：3.5%から
  • 楽天ペイ：4.4%から
  • 銀行振込：1.4%、ペイジー：2.75%
  • 週次か月次で選べる入金サイクル

10,000円の注文で、決済方法ごとに何が引かれるか

手順3と手順4の違いを、同じ注文で比べます。Basicプランで、商品と送料の合計が10,000円の注文1件を受けたとします。率はここまでに引用した表示のとおりで、計算は単純な掛け算です。

買い手が選んだ決済方法決済サービスの手数料Shopifyの取引手数料引かれる合計
Shopify ペイメント（国内のVisa）355円（3.55%）0円355円
Shopify ペイメント（American Express）390円（3.9%）0円390円
外部決済サービスのコンビニ決済（KOMOJU 2.75%）275円200円（2%）475円
外部決済サービスのPayPay（KOMOJU 3.5%から）350円から200円（2%）550円から
外部決済サービスの銀行振込（KOMOJU 1.4%）140円200円（2%）340円
手動の決済方法の銀行振込0円（買い手または店の銀行の振込手数料は別）0円0円
手動の決済方法の代引き配送業者の代引き手数料（業者の条件）0円配送業者の条件次第

この表から2つのことが分かります。1つは、同じ銀行振込でも、手動の決済方法として受ければShopifyへの支払いはゼロで、外部決済サービス経由にすると340円かかること。もう1つは、コンビニ決済をKOMOJU経由で足すと、Shopify ペイメントのVisaより120円多く引かれることです。買い手の便利さと手数料の差を、この数字で天秤にかけます。コンビニ決済を求める買い手がどれだけいるかは、Shopifyで売れないときの記事の購入率の見方で確かめられます。

なお、KOMOJUの料率は同社のページの表示で、Shopify側の2%は料金ページの表示です。どちらも変わることがあるので、設定の前に両方のページを開いてください。

手順5：入金サイクルと手数料を確認する（設定 > 決済 > 管理する）

決済を受けたあと、売上がいつ、いくら入るかを確認します。日本のShopify ペイメントの入金のページには、具体的な数字が書かれています。

  • 週単位か月単位。 日本に所在するビジネスは、通常の支払日を月曜日から金曜日のいずれかに設定し、週単位または月単位の支払いを選びます。日次の支払いは利用できません。
  • 決済期間は5日間に支払日までの残り日数を加えた日数。 ヘルプセンターの例では、水曜日の注文で支払日が金曜日なら、翌週の金曜日（8営業日後）に送金されます。日曜日の注文なら、同じ週の金曜日（5営業日後）です。金曜日、土曜日、日曜日に確定した決済はまとめて1回の支払いになります。
  • 銀行の反映に24時間から72時間。 資金は速やかに送金されますが、銀行が処理して口座に入金するまでに通常24から72時間かかります。
  • 最低支払額は5円。 これに満たない場合は、支払い可能な資金が貯まるまで保留されます。
  • マイナス残高は引き落とされない。 返金やチャージバックで残高がマイナスになっても、Shopifyが銀行口座から引き落とすことはなく、マイナス分は今後のプラスの支払いで相殺されます。その間、支払いを受け取れないことがあります。
  • チャージバック手数料は1,300円。 異議申し立てに勝った場合は返金されます。
  • 銀行口座を変更すると4暦日の一時停止。 新しい口座の確認のためで、連携には3から5営業日かかります。

手数料の実際の率は、管理画面の「設定 > 決済」のShopify ペイメントのセクションで「管理する」を押すと確認できます。支払いの一覧も同じ場所の「支払いを確認する」から見られ、保留中、送金中、支払い済み、失敗の状態が分かります。

支払いの失敗で最も多い原因は、ヘルプセンターによれば銀行口座名義の不一致です。日本の銀行は名義に非常に厳格で、法人格の省略形を含めて銀行の登録と完全に一致している必要があります。口座番号が6桁なら先頭に0を足すこと、当座預金しかない場合はShopify サポートに手動設定を依頼すること（有効になるまで最大1か月）も書かれています。

ここまでで、決済の設定と入金の見通しがそろいます。開業全体の手順はネットショップ開業の記事にあります。

手順6：同じジャンルの日本のストアが、どの決済方法を出しているか見る

最後の手順は、設定ではなく判断の材料です。手順3と手順4のどこまでを用意するかは、同じ商材を日本で売っているストアが何を出しているかを見ると決めやすくなります。コンビニ決済を出している店が多いジャンルなら、手順4の手数料を払う価値があるかもしれませんし、カードと代引きだけの店が多ければ、手順4は後回しにできます。

日本のShopifyストアを条件で探すには、ZIK AnalyticsのShopify Store Finderが使えます。国を日本に、必要なら通貨、言語、広告チャネルで絞り込むと、条件に合うストアの一覧が出ます。アプリの画面は英語ですが、操作は条件を選ぶだけです。見つけたストアの決済方法は、そのストアのチェックアウトまたは特定商取引法に基づく表記の「代金の支払方法」の欄を自分で開いて確かめます。ツールが決済方法を一覧にしてくれるわけではないので、ここは手作業です。

ZIK AnalyticsのShopify Store Finder画面：国、言語、通貨、広告チャネルなどの条件でShopifyストアを絞り込む（アプリは英語表示）

日本のShopifyストア全体がどんな構成かは、日本のShopifyストアのデータレポートにまとめています。ストアを10件ほど開いて、支払方法の欄を書き出せば、自分のジャンルの標準が見えます。

よくあるつまずき

  • コンビニ決済が「設定 > 決済」に見当たらない。 読み取った時点の日本のShopify ペイメントの一覧にはないので、手順4の外部決済サービスで足します。その場合、Shopifyの取引手数料（Basicで2%）を計算に入れてください。
  • 銀行振込を外部決済サービスで受けている。 手動の決済方法として受ければShopifyの取引手数料はゼロです。入金確認を自分で行う手間と、2%の差を比べて決めます。
  • JCBだけ有効にならない。 JCBは手動審査で最大3週間かかります。3週間を過ぎたらShopify サポートに連絡します。
  • 手動決済の注文が未払いのまま。 代金を受け取ったら、注文詳細ページで手動で支払い済みにする必要があります。
  • 支払いが失敗する。 口座名義の不一致が最も多い原因です。銀行の登録どおりの名義に更新します。
  • 特定商取引法に基づく表記を入れていない。 日本でShopify ペイメントを使う場合の義務です。「設定 > ポリシー」のテンプレートから入れます。

まとめ

Shopifyの決済方法は、「設定 > 決済」で3つの層を順に設定します。手順1でShopify ペイメントを有効にし（本人確認書類、普通預金口座、2段階認証、特定商取引法に基づく表記）、手順2で4ブランドのカードとApple Pay、Google Pay、Shop Payが自動で有効になることを確かめ、手順3で代引きと銀行振込を手動の決済方法として足し、手順4でコンビニ決済やPayPayが必要なら外部決済サービスを足し、手順5で週単位か月単位の入金と手数料を確認し、手順6で同じジャンルのストアの標準を見ます。

手数料で覚えることは1つです。Shopify ペイメント、Shop Pay、PayPal Express、手動の決済方法で処理した注文にはShopifyの取引手数料がかからず、それ以外の外部決済サービスにはプランごとの率（Basicで2%）がかかります。この記事の数字は2026年10月6日にShopifyとKOMOJUのページで読んだもので、変わることがあります。設定の前に、各ページの現在の表示を確かめてください。

よくある質問

Shopifyではどんな決済方法が使えますか。

日本のストアでは3つの層に分かれます。1つ目はShopify ペイメントで、American Express、JCB、Mastercard、Visaのクレジットカードとデビットカード、それにApple Pay、Google Pay、Shop Payの簡単なチェックアウトです。2つ目は手動の決済方法で、代引き（COD）、銀行振込、郵便為替などを「設定 > 決済」で追加できます。3つ目は外部決済サービスで、コンビニ決済やPayPayなど、Shopify ペイメントの一覧にない方法を、KOMOJUのような決済代行会社の連携で足します。Shopifyのヘルプセンターは、Shopify ペイメント以外に100種類以上のクレジットカード決済サービスから選べると書いています。

Shopifyでコンビニ決済は使えますか。

読み取った時点（2026年10月6日）の日本のShopify ペイメントの決済方法一覧に、コンビニ決済は載っていません。載っているのはカード4ブランド、Apple Pay、Google Pay、Shop Payと、ベルギー・オランダ・ポーランドの買い手向けの現地決済です。コンビニ決済を受けるには外部決済サービスを足します。たとえばKOMOJUの料金ページではコンビニ決済の手数料が一律2.75%で、これに加えてShopifyの外部サービス取引手数料（Basicで2%）がかかります。

Shopifyの決済手数料はいくらですか。

Shopify ペイメントのカード手数料はプランで決まります。日本の料金ページ（2026年10月6日時点）では、国内の標準カードとJCBがBasicで3.55%、Growで3.4%、Advancedで3.25%、American Expressと海外のカードがBasicで3.9%、Growで3.85%、Advancedで3.8%です。Shopify ペイメント、Shop Pay、PayPal Express、手動の決済方法で処理した注文には、外部サービスの取引手数料はかかりません。外部決済サービスを使う注文には、Basicで2%、Growで1%、Advancedで0.6%の取引手数料が加わります。

Shopifyで代引きは設定できますか。

できます。ヘルプセンターは代引き（COD）を手動の決済方法の代表例として挙げています。「設定 > 決済」の「決済サービス」セクションで手動の決済方法を選び、チェックアウトに表示する追加情報と、お客様が支払いのときに従う決済手順を入力して有効化します。手動の決済方法で受けた注文は「注文管理」で保留中（未払い）と表示され、代金を受け取ったら手動で支払い済みにしてから発送します。手動の決済方法には外部サービスの取引手数料がかかりません。

Shopifyの売上はいつ入金されますか。

日本のShopify ペイメントでは、通常の支払日を月曜日から金曜日のいずれかに設定し、週単位か月単位の入金を選びます。日次の入金は使えません。決済期間は5日間に支払日までの残り日数を足した日数で、ヘルプセンターの例では、水曜日の注文で支払日が金曜日なら翌週の金曜日（8営業日後）、日曜日の注文なら同じ週の金曜日（5営業日後）に送金されます。銀行が口座に反映するまでに24時間から72時間かかることがあり、最低支払額は5円です。

Shopifyでカード決済が有効にならないのはなぜですか。

ヘルプセンターが挙げる原因は、本人確認と銀行口座です。本人確認書類は日本政府発行の写真つきのもの（日本国パスポート、運転免許証の表裏、在留カード、顔写真つきマイナンバーカード）に限られ、スキャンではなく自分で撮った写真が必要です。銀行口座は日本国内の銀行の円建ての普通預金口座で、口座番号が6桁なら先頭に0を足して7桁にし、銀行名と支店名は漢字で入力します。2段階認証も必須です。JCBだけが「審査中」のままなら、JCBの手動審査で最大3週間かかることがあります。

Shopify ペイメントと外部決済サービスは併用できますか。

できます。ヘルプセンターは、すでにダイレクト外部決済サービスを使っている場合でも、Shopify ペイメントを併用してShop Payや現地の決済方法を追加で提供できると書いています。ただし、Shopify ペイメントが有効でも、外部決済サービスで処理した注文には外部サービスの取引手数料がかかります。例外はPayPalと手動の決済方法です。